C 1963 года Борис Неклюдов начал участвовать в выставках, с 1964 года - уже как член СХ СССР - участник московских, всесоюзных и республиканских выставок. Шестидесятые годы ознаменовались подъёмом монументального искусства, который был непосредственно связан с коренной перестройкой архитектуры, новыми индустриальными методами строительства и новыми идейно-эстетическими задачами, вставшими перед советскими зодчими. Отказ от украшательских «излишеств», от пышности и помпезности в архитектуре, ориентация на удовлетворение практических потребностей человека привели к значительным стилевым изменениям в градостроительстве. Новые архитектурные сооружения демонстрировали подчёркнутую простоту объёмов, обнажённые конструкции, художественный лаконизм, широкое использование таких материалов, как бетон, стекло и алюминий. Творческие поиски художников-монументалистов в это время были направлены на активное участие в создании новой архитектурно-пространственной среды.
Как известно, на первых порах монументальное искусство в значительно большей степени следовало архитектуре. В произведениях художников господствовали схематичность, плоскостность, плакатность решений. Борис Неклюдов был одним из тех мастеров, которые пришли к более глубокому пониманию роли монументального искусства в новой архитектуре и возможностей их взаимодействия. Он сумел найти свой собственный путь в избранной им области живописи, свой круг тем и подход к их разработке. Излюбленными техниками Бориса Неклюдова были флорентийская и римская мозаика, темперная роспись, витраж, сграфитто, маркетри.
Первая значительная монументальная работа Бориса Неклюдова — большая темперная роспись в московской средней школе № 318 — была им выполнена в 1970 году совместно с братом Владимиром Неклюдовым, с которым он вместе учился. Фрески в интерьере школы представляют собой три больших панно на торцовых стенах залов. Каждая роспись адресована определённому возрасту школьников. В нижнем зале — младшим, в среднем — подросткам, в верхнем зале — ученикам старших классов. Эпизоды росписи на темы «Детство», «Отрочество», «Юность» сопоставляются свободно, создавая своеобразный рассказ о современной молодёжи, который начинается изображением детских игр, различных увлечений подростков и кончается показом сложного мира юношества.
Живопись Неклюдова не служит лишь декоративным дополнением к архитектуре интерьера. Условное, лишённое конкретных примет пространство, создаваемое им, не является продолжением реального пространства. Автор погружает зрителя в особый, самостоятельно существующий мир, полный лиризма, он обращается к его чувствам, формируют настроение. Глубина содержания, обобщение, порой доходящее до символичности, соединяются у художника с точностью воспроизведения жизненно-характерных деталей. Изменением ритма и цвета Неклюдов передаёт взросление своих персонажей, их интеллектуальное и духовное обогащение, не нарушающее светлой гармонии мировосприятия. Эта роспись явилась несомненной удачей молодого художника, она сразу же привлекла к себе внимание творческой общественности столицы и получила высокую оценку в печати.
Следующая большая работа Бориса Неклюдова — роспись нового здания аэропорта в Магадане (1974). Фрески выполнены в зале ресторана аэропорта и посвящены теме «встречи и прощания». Свободно компонуя отдельные и самостоятельные эпизоды на поверхности стены, художник обогащает строгую архитектуру интерьера. Благодаря живописи зал выглядит более уютным, обжитым, эмоционально выразительным. Фигуры людей, с их чёткими силуэтами хорошо вписываются в архитектурную конструкцию зала. Росписи одинаково хорошо смотрятся и с близкого и с отдалённого расстояния, воспринимаясь, как органичная часть интерьера. Особенно удались художнику сцены «Ожидание» и «Встреча».
Борис Неклюдов, предпочитая фреску, одинаково хорошо владел и другими видами монументальной живописи. В сложной технике мозаики им были выполнены композиции для музея Комсомольской славы им. Лизы Чайкиной в городе Тверь (1973). Мозаика интерьера здесь состояла из трёх самостоятельных частей, расположенных на плоскости стены, прорезанной высокой аркой. По бокам — «Гражданская война» и «Семья», а над самой аркой — своеобразная геральдическая композиция «Слава». Тема для мозаики, посвящённой гражданской войне, навеяна известной комсомольской песней «Там вдали за рекой». Она взволнованна и романтична по своему эмоциональному настрою.
В 1976 году Борис Неклюдов завершил большую работу над росписями подмосковного пионерского лагеря «Зорька». В них художник вернулся к мотивам своей первой работы, посвящая фрески жизни школьников и подростков, их учёбе, играм, занятию спортом. Росписи расположены на стенах небольшого холла, столовой и пионерского клуба стандартной застройки. Здесь, как и в интерьере московской школы художник сумел преодолеть скучное однообразие типовых интерьеров, как бы раздвинув рамки архитектуры и внеся в неё своими росписями светлую, радостную интонацию. Он интересно развёртывает повествование о жизни детей, не придерживаясь строгой сюжетной последовательности и в то же время создавая целостное художественное произведение.
Работы того же, 1976 года — фрески на тему «Времена года» в холле учреждения «Станкоимпорт» и росписи в столовой завода «Калибр» («Молодая семья», «Встреча», «Спортивная игра») Борис Неклюдов выполнил в том же эмоциональном ключе.
Во второй половине 70-х годов Борис Неклюдов работал особенно напряжённо. В этот период он расписывает зимний сад во Дворце культуры завода «Электроника» в городе своего детства — Воронеже, пишет фрески для фойе кинотеатра «Орбита» в Москве.
Одно из наиболее значительных произведений, оконченное в 1979 году, — роспись для гостиницы «Жемчужина» в Сочи, построенной на самом берегу моря. Эту работу Борис Неклюдов вновь выполнил вместе со своим братом Владимиром. Фрески украшают огромный зал ресторана гостиницы, рассчитанный на несколько сотен мест и разделённый на отдельные отсеки раздвижными стенками. Тема живописи художника — радостный отдых людей на берегу тёплого моря. Изображены загорелые фигуры купающихся, красочная южная природа, танцы, игры, сценические представления… Всё это объединено единой цветовой гаммой и умело увязано с архитектурой здания. Росписи «Жемчужины» свидетельствуют о высоком профессиональном мастерстве, большой изобретательности, фантазии и выдумке. В том же 1979 году Борис Неклюдов закончил работу над римскими мозаиками в институте повышения квалификации Министерства заготовок РСФСР.
70-е и 80-е года XX века справедливо считаются эпохой расцвета монументально-декоративного искусства в СССР. Среди наиболее значительных работ Бориса Неклюдова в 80-х стоит отметить римские мозаики в вестибюле станции метро Южная московского метрополитена (1983), римские мозаики в фойе здания государственной филармонии в Майкопе (1985), маркетри и флорентийские мозаики в театре Сатирикон в Москве (1987), римские и флорентийские мозаики и витражи в ДК совхоза Московский (1988).